早上网上毕业申报时，因为有三科成绩是在另一个准考证下面，但是在提交申请时没填那三科的成绩，怎么办？现在没有办法更改，请问一下，该怎么办

应该是只能等退回申请，再重新上报。
你应该将成绩合并到一个准考证上才行，具体的问问考办的老师。