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在体内具有杀灭幽门螺杆菌作用的抗生素有克拉霉素、阿莫西林、甲硝唑（或替硝唑）、四环素、呋喃唑酮、某些喹诺酮和左氧氟沙星等。PPI及胶体铋体内能衹幽门螺杆菌，与上述抗生素有协同杀菌作用。目前尚无单一药物可有效根除幽门螺杆菌，因此必须联合用药。 研究证明以PPI或胶体铋为基础加上两种抗生素的三联治疗方案有较高根除率。其中以PPI加克拉霉素再加阿莫西林或甲硝唑的方案根除率最高。