胃食管反流病的临床表现多样，轻重不一。
食管症状包括典型的反流、烧心症状，对GERD的诊断具有重要的意义。其他还包括胸骨后疼痛、嗳气、吞咽困难等，部分患者还可能有上腹部疼痛、烧灼感等不典型症状。食管外症状包括咽喉部和呼吸道症状，包括慢性咳嗽、声音嘶哑、哮喘、咽喉部的疼痛或异物感等，也可能与口腔溃疡及龋齿等口腔问题相关。婴幼儿患GERD则会出现生长发育迟缓等现象。
GERD的常见并发症为上消化道出血、食管狭窄和Barrett食管。
GERD患者可因食管黏膜破损累及血管而出现消化道出血，多为小量、反复出血，可以导致贫血。较少出现大量出血。反复的炎症发生及愈合过程中，由于瘢痕纤维化可导致食管狭窄，多出现在食管远段。
当食管下段鳞状上皮被化生的柱状上皮替代时称Barrett食管，其腺癌的发生率较正常人高10〜20倍。